本文内容来源“天美妙妙屋”
「由玩家创造出来的蛋白质,绝不逊色于任何科学家的科研成果。」
——《自然》杂志
对于肆虐全球的新冠病毒,目前还没有从根源上解决问题的办法,尽管不成熟的疫苗一定程度上可以减少患病几率,但物理性防护现在仍然是最靠谱的手段。当全世界都在为了抗疫研究忙得焦头烂额时,华盛顿大学医学院蛋白质设计研究所的一帮学者,却选择把希望押宝在一款名叫《Foldit》的游戏上。
也许你会本能的觉得,这可能又是哪个资本家想出的花式骗局。毕竟硅谷才刚刚结束一桩医疗科技公司的诈骗巨案,被很多人追捧为「下一个乔布斯」的伊丽莎白·霍尔姆斯(Elizabeth Holmes),因虚假包装完全不存在的血液检测技术,最终面临4项罪名和20年监禁。
但翻看过去的履历,你会发现《Foldit》的制作者们有所不同,他们是真有两把刷子 —— 通过游戏,不仅在2011年帮助重构了梅森-菲舍猴病毒逆转录酶的晶体结构,让一个卡住了15年的问题在10天内得到解决;而且在2019年的《自然》杂志上,一篇名为「由普通科学家设计的蛋白质」(De novo protein design by citizen scientists)的论文提到,这帮人测试了146种蛋白质,其中有56种结构稳定的,都来自《Foldit》玩家的游戏结果。
可以把《Foldit》看成是医学界的《俄罗斯方块》
说得这么玄乎,其实《Foldit》的玩法很简单。游戏会给出一组解谜关卡,每关提供一些蛋白质组件的3D模型,让人们通过旋转、拉伸、变形来搭建一个可能存在的蛋白质,然后根据算法给分。这个过程是有一定趣味性存在的,因为分越高意味着蛋白质的结构越正确,在科研贡献的排行榜上就越靠前,以此鼓励玩家们想出各种稀奇古怪的方案。
《Foldit》贡献榜
此外这款游戏免费开放给公众,理论上不具备生物学知识的人也能顺利上手,参与《自然》杂志论文编写的学者认为:「由玩家创造出来的蛋白质,绝不逊色于任何科学家的科研成果。」
《Foldit》对抗新冠病毒的秘密,涉及到近一年来新增的游戏内容。
例如,其中有一关叫做「1805b:冠状病毒棘刺蛋白粘结剂设计」(1805b: Coronavirus Spike Protein Binder Design),展示了人体蛋白和新冠病毒蛋白的结合状态。玩家需要做的,就是搭建出一种更容易和新冠病毒蛋白结合的「防御蛋白」,从而阻断病毒和人体的交互。
这些防御蛋白的结构如同粘住病毒的胶水,恰恰可以帮助学者们制作药物。早在去年4月,官方便从玩家结果中选出了99种蛋白设计,试着在现实中还原,目前还在持续研究中。
游戏中新冠病毒蛋白和人体蛋白的结合
这种将工作先分配给很多参与者,再合成为最终结果的模式,我们一般称为「众包」(Crowdsourcing)。之所以科学家们不完全把工作交给算法来做,是因为计算机在处理需要依靠直觉执行的模糊任务时,能力远不如人脑,手工反而效率更高。
如果用一张图来解释众包
像《Foldit》一样通过游戏来进行众包的并不是个例,因为只要内容设计得好玩,大把玩家都愿意免费打工,这可比硬生生掏钱给乙方重复劳作高明多了。
《星战前夜》(EVE Online)里也有名为「探索计划」(Project Discovery)的众包项目,开发商CCP在2020年时启动了第三阶段计划,意图通过玩家手动处理的数据,来研究新冠病毒如何影响免疫系统,如何改变细胞的大小、形状以及其它方面。
该计划获得过欧盟的资助,虽然看起来很高大上,但它其实就是通过《星战前夜》中的一个内置小游戏来实现的。开发团队导入了很多由「流式细胞仪」制作的血液样本,样本中同种类型的细胞会聚成一团,玩家的任务是用线框圈出细胞集群的边界。
《星战前夜》中的「探索计划」
因为样本量特别大,他们应该不是纯随机的把血液样本推送给玩家,可能采用了一个带有游戏思维的设计 —— 类似常用于Roguelike或者一部分Battlepass模式下的「个性化定制任务推送」,根据玩家情况的不同,不断刷新他们要做的任务。
探索计划的做法是先提供简单教程,逐渐增加训练难度,其中有个隐性的等级系统,样本处理得越多,等级就越高。前期在我们不熟悉的时候,系统会给出线框边界的模板(上图中的橙色区域),但到后面就没有提示了,而且图片变得特别抽象,一张图最多可以有8个集群。因此小游戏很可能根据不同玩家的水平,从数据库中挑出对应难度的任务给人处理。
相比上图中的血液样本,这张图的细胞集群边界含糊不清,处理难度更高
如果定制任务推送设计得够好,在众包中可以大大提高学者们收集数据的效率。
针对不同的应用场景,我们还能做很多尝试。例如在《重返帝国》里,可以基于不同时间段某个玩家群体的生产、工业和科技能力来提供对应任务。天美在研究这个专利时,主要参考标准是帐号集合的平均属性值,然后根据玩家和平均属性值的差值来调配任务。
相比《星战前夜》中的等级划分,用这种方式也许可以做得更加细致。当然这只是举了一个我比较熟悉的例子,游戏里应该还有很多解决方案,可以和科研众包更好地融合起来。
《重返帝国》针玩家进行个性化定制任务推送的方案,专利公开号CN113318450A
如果仅从玩法的角度来说,探索计划并没有《Foldit》好玩,无非就是用线框把细胞圈起来,创造性不足,很快会觉得重复乏味。但好就好在:《星战前夜》玩家实在是太闲了。
由于游戏节奏较慢,无论跃迁赶路、挂机挖矿还是生产刷怪,他们都有大把时间干别的事情,再加上玩小游戏可以拿到星币和舰船皮肤等奖励,探索计划因此取得过不错的成效。
例如曾经一度有30万名玩家参与其中,给科学家们的「人类蛋白图谱数据库」贡献了3300万个图像分类。而第三阶段关于新冠病毒的研究,则是和意大利免疫学教授安德里亚·科萨里扎(Andrea Cossarizza)合作,算是一线临床医生跑到游戏里来推广科研了。
Cossarizza教授明明有头发,在《星战前夜》里给做没了
值得一提的是,关于游戏众包在科研上的运用,有个看起来更加玄学的项目。
奥胡斯大学是丹麦规模最大的综合性学校,他们旗下有支物理学家组成的团队想造一台量子计算机。这台计算机的处理器被设计成由300个原子组成,逻辑运算是用「光镊」移动原子来完成。
「光镊」是用激光束移动微小物体的装置
说起来简单,但想要随心所欲将原子从A点带到B不是件轻松活。因为原子只能以特定方式移动,速度太快又会破坏稳定性,于是该团队开发了款名叫《量子移动》(Quantum Moves)的游戏来模拟这个过程,想要让玩家产出大量数据结果,再根据数据去寻求解法。
《量子移动》
不过《量子移动》在玩法上并没有想象中复杂。视觉表现就是用鼠标弯曲一条线,利用线的起伏来转移一种波动不定的液体。这些液体不单单只受重力影响,如果动得太快便会溢出来,我们的最终目标,是将其稳稳带入由紫色方框表示的存放点。
如果对应现实里量子运动的关系,液体实际上代表的是原子波函数,只要它的稳定性得到保证,原子也就有机会受控的移动了。
截至2017年2月,《量子移动》已被全球20多万玩家玩过800多万次。尽管从众包数据到产出量子计算机还有很长的距离,不过这些参入了「人类直觉」的数据,比纯粹由电脑开发的方法更高效。正如物理学家雅各布·谢尔森(Jacob Sherson)说的那样:“当我们需要解决一个未知的问题时会凭直觉行事,而对于计算机来说这是无法理解的。”
除了制造量子计算机,奥胡思大学的这帮人还搭建了名叫「Science At Home」的网站,将众包游戏和一些高校核心课程联系起来。
当然游戏始终是工具,研究和解决问题的人才是主体。可能游戏众包最能体现社会价值的地方,在于几乎所有人都能切实的通过游戏为科研做出贡献,在乐趣地推动下不断获取知识。
来源:GameRes游资网