《名侦探柯南》讲述的是,被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”的高中生侦探工藤新一在一次与青梅竹马毛利兰去游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子,于是新一独自跟踪了他们,却不料被其中一名黑衣男子偷袭并灌下一种名为“APTX4869”的神秘毒药,虽然因体质特殊免遭死亡,但是因为药物副作用,新一的身体回到了孩童状态。
如果黑衣组织知道新一还活着的话必定会使周围的人受到牵连,所以他化名为“江户川柯南”,寄住在父亲为侦探的毛利兰家中企图寻找黑衣组织的线索。他用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利兰的父亲同时也是个冒失的糊涂侦探毛利小五郎睡着,接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理,解决了许多案件并一直在追查黑衣组织,期待把黑衣组织绳之以法并变回原来的样子,同时也结交了许多伙伴。